Наблюдательная сеть ФГБУ «Башкирское УГМС» состоит из 31 станции, из них – 5 объединенных. ОГМС Туймазы включает в себя метеостанцию и лабораторию мониторинга окружающей среды; ОГМС Стерлитамак и ОГМС Зилаир – гидрологическую и метеорологическую станции; ОГМС Павловка – озерную и метеорологическую станции и гидрохимическую лабораторию; АЭ Уфа-Дема — аэрологическую станцию и метеорологическую станции. На 20 станциях проводятся агрометеорологические и фенологические наблюдения. Кроме того, в труднодоступных горных районах установлено 6 автоматических метеорологических станций. В состав наблюдательной сети входят также 4 метеорологических поста, 73 гидрологических постов, из числа которых 31 проводит метеорологические наблюдения.
Метеостанции наблюдательной сети оснащены автоматизированными метеорологическими комплексами (АМК). Подача информации на метеостанциях осуществляется в штатном режиме через интернет.